Het wapen van de Sint Franciscusbasiliek is ontworpen door Piet Bultsma-Vos SHA. Het Mariamonogram is genomen van de voet van het te Bolsward sinds jaar en dag vereerde beeld van Maria van Sevenwouden. De blauwe kleur verwijst naar de heilige maagd Maria, maar mag ook doen herinneren aan de zee. De devotie voor Maria van Sevenwouden was aanvankelijk verbonden met het havenstadje Stavoren aan de, destijds, Zuiderzeekust.

Het tau-kruis is opgenomen als rechtstreekse verwijzing naar Sint Franciscus, de patroon van de basiliek, en de Orde der Franciscanen die zich reeds omstreeks 1260 in Bolsward vestigde en veel heeft betekend voor het geloofsleven in de stad. De kleuren zwart en geel (goud) zijn de kleuren van de stad.

De wapenspreuk verwijst naar de zalige Titus Brandsma o.carm., een priesterzoon van Bolsward. “Uw bijzijn maakt mij alles goed”, is de laatste regel van het gedicht “O Jezus, als ik U aanschouw” dat hij op 12 en 13 februari 1942 schreef in zijn gevangeniscel te Scheveningen.

O, Jezus als ik U aanschouw
Dan leeft weer, dat ik van U hou
En dat ook Uw hart mij bemint,
Nog wel als Uw bijzondere vrind.

Al vraagt mij dat meer lijdensmoed,
Och, alle lijden is mij goed,
Omdat ik daardoor U gelijk
En dit de weg is naar Uw Rijk

Ik ben gelukkig in mijn leed,
Omdat ik het geen leed meer weet,
Maar ‘t alleruitverkorenst lot,
Dat mij vereent met U, o God.

O, laat mij hier maar stil alleen,
Het kil en koud zijn om mij heen,
En laat geen mensen bij mij toe.
‘t Alleen zijn word ik hier niet moe.

Want Gij, o Jezus, zijt bij mij,
Ik was U nimmer zo nabij.
Blijf bij mij, bij mij, Jezus zoet,
Uw bijzijn maakt mij alles goed.

De gekruiste sleutels en het conopeum waartegen het schild geplaatst is, zijn de gebruikelijke attributen waarmee wordt aangeduid dat het een basiliekwapen betreft.
De blazoenering (officiële omschrijving) luidt:

Doorsneden: 1 in blauw het gekroonde Mariamonogram zoals dat staat afgebeeld op de voet van het beeld van O.L.V. van Sevenwouden, alles van goud; 2 in goud een zwart tau-kruis. Het schild geplaatst op twee schuingekruiste sleutels van goud en zilver, samengebonden met een rood koord met kwasten en een conopeum van rode en gele banen met een gouden steel. Wapenspreuk: UW BIJZIJN MAAKT MIJ ALLES GOED in zwarte letters op een blauw gevoerd wit lint.